1990-ээд онд өрнөсөн өөрчлөлт шинэчлэлт нь нийгмийг шинэ харилцаанд тохирсон залуучуудын хөдөлгөөний хэлбэр агуулгыг шаардах болсонтой уялдаж, МХЗЭ-ийн XXих хурлаар МХЗЭ-ийн бааз суурин дээр залуучуудыг үзэл бодол үл ялгаварлан нэгтгэх, Монголын залуучуудын хамгийн нийтлэг хүсэл зорилго эрх ашгийг илэрхийлэх Монголын залуучуудын шинэ байгууллага байгуулахаар шийдвэрлэсэн байна. Тухайн үеийн их хурлын төлөөлөгчид Монголын залуучуудын шинэ байгууллагыг байгуулах чуулганыг 1991 оны 1-р сарын 18-нд Улаанбаатар хотноо зохион байгуулан хуралдуулж Монголын Залуучуудын Холбоог байгуулжээ.
С.Баярцогт /1991-1997/ Ингээд МЗХ-ны Ерөнхийлөгчөөр С.Баярцогт /1991-1997/ томилогдон ажиллаж энэ хугацаанд байгууллагаа зохион байгуулах, өмч хөрөнгийг шилжүүлэн авах, боловсон хүчин, баримт бичиг архивтай холбогдсон асуудлууд гээд шийдвэрлэх шаардлагатай асуудлуудыг тухай бүрт нь хийж ирсэн бөгөөд 18 аймаг, нийслэл дүүргүүдэд 300 гаруй анхан шатны нэгж, 60 мянга гаруй идэвхитэн дэмжигчтэй болж чадсан байна.
Ч.Сайханбилэг /1997-2003/ “Шинэ үе- шинэ бодлого” гэдэг бодлогын том баримт бичиг үйл ажиллагааны зарчмаа гаргаж ирсэн бөгөөд энэхүү зарчим нь улс төрийн аливаа үйл ажиллагаа явуулахгүй, төрийн эрхэнд, засгийн эрхэнд улс төрийн нам хүчин байхаас үл шалтгаалж засгийн газартай хамтарч ажиллана гэсэн гол ноён нуруу нь байсан байна. Залуучуудын бодлого нь шинэ бодлого дээр Монгол залуу хүний эрмэлзэх 9 зүйл дээр үндэслэн залуучуудын байгууллагын шинэ баримтлах зарчим гаргаж ирсэн байна.
Ц.Зоригтбаатар /2003-2012/ Уламжлал болгон зохион байгуулдаг нийгэм улс төр, эдийн засаг бизнесийн “Оны залуу” тодруулах “Next Stop”наадам, залуу багш оюутны “Эврика” эрдэм шинжилгээний бага хурал, оны шилдэг оюутан шалгаруулах “Алма матер” ёслолын ажиллагаа, цэнгээнт бүжгийн “Хаврын баяр” наадам зэргийг зохион байгуулж ирсэн бөгөөд хөгжлийн бэрхшээлтэй иргэдээ дэмжиж ажилладаг байсан юм. Энэ мэтчилэн зохион байгуулдаг үйл ажиллагаа бүхэн цаана зорилготой, залуучуудад бахархан дууриах хүнийг төрүүлэн гаргах, хүн бүр удирдагч байж болно гэсэн санааг залуучуудад ойлгуулах зорилго тавин ажиллаж байсан юм.
А.Мөнхбат /2012 оны 2-р сараас/ Энэ үе Монголын Залуучуудын Холбооны хувьд үйл ажиллагаа нь дахин сэргэж, идэвхижсэн үе гэж хэлж болно. А.Мөнхбат МЗХ-ны Ерөнхийлөгчөөр томилогдсоноос хойш 2013 оныг “Оролцъё” уриан дор бүхий л ажлаа зохион байгуулж, 2012 оны 2-р сараас “Спирт үү, спорт уу”, “Авлигын эсрэг би авахгүй, би өгөхгүй” аян, “Ажилтай орлоготой Монгол залуу” төсөл, хөтөлбөр, “Унадаг дугуйтай Улаанбаатар”, “Архигүй Монгол” сумын залуусыг архинаас гаргая, зэрэг төслүүдийг УИХ-д өргөн барьсан бөгөөд “Паркаа аваръяа” хөдөлгөөн, “Залуусаа сонгуульдаа идэвхитэй оролцьё” аян, мөн уламжлал болгон зохион байгуулдаг “Эврика” эрдэм шинжилгээний бага хурал, “Залуу хүн” цуврал лекц, “Цагаан уул” хайрын шүлгийн наадам зэрэг томоохон ажлуудыг зохион байгуулж байна. 2012 онд 8 жил завсарлаад байсан оны шилдэг залуу шалгаруулах “Next Stop”наадмыг 20 дахь жилдээ сэргээн тэмдэглэж, мөн үндэсний их баяр наадмаар “Залуусын наадам”-ыг зохион байгуулсан юм. МЗХ-ны түүхэнд хамгийн олон аймгуудаар зочилж орон нутаг дахь чуулганыг зохион байгуулан шинэ бүтэц бүрэлдэхүүнтэйгээр үйл ажиллагааг нь сэргээн идэвхижүүллээ. Мөн гадаад харилцаагаа өртгөтгөж энэ онд Азийн залуучуудын чуулганыг Монгол улсдаа зохион байгуулахаар болсон нь МЗХ-ны нэр хүнд ямар түвшинд хүрсэнийг илтгэж байгаа юм. 2014 оныг МЗХ “Залуусаа нэгдье” уриан дор бүх ажлаа зохион байгуулж, мөн өмнөх жилүүдэд хийж байсан ажлаа үргэлжлүүлэн хийхээр төлөвлөөд байгаа юм байна. МЗХ монголын залуучуудынхаа өмнө нээлттэй болоод зогсохгүй тэднийг идэвхижүүлэн, эх орныхоо ирээдүйн төлөө залуучуудын оролцоог нэмэгдүүлж чадсан үндэсний хэмжээний залуучуудын байгууллага юм.