2017 оны долоодугаар сарын 18-ны Засгийн газрын хуралдаанаар БСШУСЯ-ны Төрийн нарийн бичгийн даргын албыг хашиж байсан Б.Баярсайханыг ажлаас нь халах шийдвэр гаргасан билээ.
Засгийн газраас гаргасан албан ёсны хэвлэлийн мэдээнд “Салбараа болон төрийн албан хаагчдыг мэргэжлийн удирдлагаар хангаж ажиллаж чадаагүй үндэслэлээр Б.Баярсайханыг БСШУСЯ-ны Төрийн нарийн бичгийн даргын албан тушаалаас чөлөөлөв” гэсэн нэгхэн өгүүлбэр бүхий шийдвэрийг гэнэт гаргасан нь олон хүний анхаарлыг татаад буй.Харин тухайн үед Б.Баярсайхан “Миний хувьд хууль зөрчсөн ямар ч үйл ажиллагаа явуулаагүй учир нүүр бардам байна. Боловсролын салбарт мөнгөгүйгээр ч зөвхөн зохион байгуулалтын чанартайгаар олон өөрчлөлт хийх боломжтой. Гэтэл энэ бүхнийг мөнгөний ашиг сонирхлоор харсан хэсэг хүний л явуулга боллоо.Би цаашид хандах ёстой газарт нь хандах болно. Төрийн алба гэдэг хуультай. Тэгэхээр хуулийн дагуу л асуудлыг шийдэх ёстой” гэсэн байр суурийг хэлсэн юм.
Ингээд Б.Баярсайхан хууль бусаар ажлаасаа халагдсан гэх үндэслэлээр Захиргааны хэргийн шүүхэд хандаад байсан. Харин энэ хэргийн шүүх хурал өнөөдөр болох байсан ч Засгийн газрын биет төлөөлөгч П.Ариунболд ирээгүй тул шүүх хурал хойшилжээ.