Төрийн өмчийн болон хувийн хэвшлийн их, дээд сургуулиудын сургалтын төлбөр нэмэгддэг ч ямар үндэслэлтэй нь тодорхой бус байдаг. Энэ жил ч төлбөр нэмэгджээ. “БСШУС-ын сайд төрийн өмчит бүх их, дээд сургуулийн сургалтын төлбөрийг нэмэхгүй байх үүрэг, чиглэлийг удирдлагуудад нь өгсөн. Харин МУИС-ын нэг багц цагийн төлбөр өмнөх жилийнхээс нэмэгджээ. Тус сургуулийн Удирдах зөвлөлийн 2017 оны гуравдугаар сарын 31-ний 06 тоот тогтоолоор бакалаврын түвшний сургалтын төлбөрийн хэмжээг тогтоосон гэнэ. Зөвхөн I түвшний оюутны нэг кредит цагийн төлбөрийг өнгөрсөн жилийнхтэй харьцуулахад Бизнесийн салбар сургууль 96.600-гаас 103.100, Шинжлэх ухааны сургууль 74.600-гаас 86.700 төгрөг болж нэмэгджээ.
МУИС-ийн оюутан 2012-2013 оны хичээлийн жилээс сургалтын төлбөрөөс гадна суурь хураамж хэмээн нэг жилд 224.000 төгрөг төлдөг байсан. Харин энэ жилээс эхлэн суурь хураамж төлөхөөргүй болсон байна.