Төсвийн хөрөнгөнөөс санхүүждэг Засгийн газрын тусгай сангуудаас гадна яам, агентлагийн дэргэд нууцлаг гэж болохоор сангууд байна. Эдгээр сангийн үйл ажиллагаа, санхүүгийн тайлан, зарцуулалтын тухай мэдээлэл хаана ч алга. Жишээлбэл Гаалийн ерөнхий газрын дэргэд Гаалийн хөгжлийн сан гэж байдаг, бизнес эрхлэгчид гаальтай холбоотой зарим төлбөр хураамжийг түүнд тушаадаг тухай ярих нь бий. Энэ талаар хайж үзэхэд ямар нэгэн мэдээлэл байхгүй байна.
Харин Сангийн хөрөнгийг захиран зарцуулах тухай бүр 1997 онд батлагдсан Засгийн газрын 124 дүгээр тогтоол олдлоо. Өдийг хүртэлх 17 жилийн хугацаанд төсөв, санхүүтэй холбоотой олон хууль журам өөрчлөгдөж, ил тод байдлын асуудал хурцаар тавигдах болсон байхад уг сангийн талаарх ямар ч мэдээлэл тодорхойгүй байна. Сангийн дээрх дүрэм, журам мөрдөгдөж байгаа эсэх зарцуулалтын талаар тайлагнаж байсан тухай мэдээлэл байхгүй. Юутай ч Засгийн газрын дээрх тогтоолд сангийн хөрөнгийг дараах зүйлд зарцуулна гэжээ.
а/гаалийн хяналт шалгалт, түүний арга ажиллагаа, технологийн горимыг боловсронгуй болгох, хяналт шалгалтын техник хэрэгсэл, тоног төхөөрөмж худалдан авах, гаалийн барилга, объект барих зэрэг гаалийн байгууллагын материал техникийн баазыг бэхжүүлэх;
б/гаалийн статистик мэдээлэл гаргах;
в/гаалийн дэд бүтцийг бий болгох /хилийн боомт дахь зам, талбай, эрчим хүч, харилцаа холбоо, компьютерийн нэгдсэн сүлжээнд холбох гэх мэт/;
г/гаалийн ажилтан нарын мэргэшлийг нь дээшлүүлэх, нийгмийн асуудлыг шийдвэрлэх;
д/гаалийн улсын байцаагчдын дүрэмт болон ажлын тусгай хувцас, бие хамгаалах хэрэгслийг бэлтгэх, худалдан авах гэсэн таван төрлийн үйл ажиллагаанд Гаалийн хөгжлийн сангийн хөрөнгийг зарцуулах юм байна.
Тус сангаас гадна Архидан согтуурахтай тэмцэх сан гэж Эрүүл мэндийн яамны дэргэд байна. Сан нь мөн л төсвийн бүрэлдэхүүнд багтдаг бололтой. Яам, агентлагуудын дэргэдэх байгаа, байхгүй нь мэдэгддэггүй мөнгөн сангуудын нэр төдий жагсаалт Монгол Судлалыг дэмжих сангаар үргэлжилж байна.
Тус санг 2012 оны нэгдүгээр сард Ерөнхийлөгчийн зарлигаар байгуулж байжээ. Харин Засгийн газрын 2012 оны 12 дугаар сарын 7-ны 402 дугаар тогтоолоор сангийн дүрмийг баталж, орон тооны хязгаарыг зургаан хүн байхаар тогтоожээ. Төсөв, хөрөнгө нь Боловсрол, шинжлэх ухааны сайдын багцад хамаардаг бөгөөд сангийн удирдлагын тухай мэдээлэл мөн байхгүй.
Боловсролын технологийн хөгжлийн санг мэддэг хүн ховор гэдэгтэй маргах хүн байхгүй биз ээ. Боловсрол, шинжлэх ухааны эрхлэх асуудлын хүрээнд хамаардаг энэ байгууллагатай холбоотой мэдээлэл “нууц” .Одоогийн байдлаар Засгийн газрын тусгай сан 29 байна. Харин Засгийн газар хэрэгжүүлэг болон тохируулагч 18 агентлагтайн хоёр нь дэргэдээ жижиг сантай байгаа бол бусад нь ямар сантай байгаа нь одоогоор тодорхойгүй байгаа юм.